V. La guerre Autobots/Décepticons

La guerre entre les Autobots et les Décepticons remontent à des temps immémoriaux, que même eux sont incapables de citer. Ces deux factions de Transformers vivaient en paix sur une planète de métal nommée Cybertron, commandé pour les uns par Optimus Prime et pour les autres par Mégatron. La planète devait sa vie à un cube cosmique appelé AllSpark, qui pouvait donner la vie à tout objet. Mais Mégatron décida de voler le AllSpark et de le garder pour lui-même, voulant créer une armée Décepticons. Optimus Prime décida d'envoyer le AllSpark dans l'espace pour empêcher le leader Décepticons de s'en emparé mais la planète commença doucement à dépérir, privée de sa source d'énergie. Se rendant compte de son erreur, Optimus Prime décida d'en voyer son meilleur soldat sur la planète où le AllSpark s'était écrasé: la planète terre. Ce soldat, BumbleBee, atterrit sur terre et prit l'apparence d'une Chevrolet Camaro II jaune et noire et entreprit des recherches pour retrouver le AllSpark. Mais il ignorait que Mégatron était déjà sur terre depuis bien des années. Ce dernier était parti à la recherche du cube juste après sa disparition de Cybertron mais en entrant dans l'atmosphère humaine, il avait dévié de sa trajectoire et c'était écrasé dans la banquise où il fut découvert des siècles plus tard par un explorateur, le grand-père de Sam Witwicky. Malencontreusement, ce dernier mit en marche un programme de Mégatron qui grava l'emplacement du AllSpark sur les lunettes de cet homme.

Bien des années plus tard, Mégatron fut repéré par les agents du secteur 7, une organisation gouvernementale ayant découvert le AllSpark dans un pan de la montagne et ayant construit un barrage pour le cacher. Le leader Décepticons fut maintenu dans un état de cryogénisation et emmené au même endroit pour pouvoir être étudié.

2007: Sam Witwicky a 17 ans et il fait un exposé noté sur la vie de son grand-père et cherche à vendre ses lunettes, ce qui énerve assez son professeur, qui lui donne un A-. A la sortie des cours, le jeune homme part voir son père pour que ce dernier lui achète une voiture et ils se retrouvent tous les deux dans une casse automobile miteuse. Il découvre alors une vieille Chevrolet Camaro II jaune et noire qu'il aimerait acheter. Cependant, le prix est trop cher pour son père qui refuse de l'acheter. Les vitres des autres voitures vont alors toutes explosées et Sam repartira avec la voiture. Cependant, ce n'est que le début des ennuis pour lui. Un soir, sa voiture est volée par deux jeunes et il les suis avec un vélo rose de petite fille jusqu'à ce que la dite voiture se transforme en robot et lance un signal dans le ciel. Il prévient la police et sera interrogé par cette dernière le lendemain. Mais il ne sera pas cru par cette dernière et rentrera chez lui pour voir sa voiture rentré toute seule. Il décide de fuir mais la Chevrolet le suis et Sam se retrouve dans un parking avec Mikaela, une amie de sa classe, avant d'être attaqué par une voiture de police qui se révéla être un robot elle aussi. Ils furent cependant sauvé par la Chevrolet.
Un soir, Sam et Mikaela assiste à l'arrivée d'autres robots: Jazz, Ratchet, IronHide et Optimus Prime. Ils découvrent que le robot protecteur de Sam est en fait BumbleBee, l'Autobots envoyé sur terre par Optimus Prime pour retrouver le AllSpark. Cependant, les deux jeunes sont obligés de fuir quand le Secteur 7 découvre qu'ils ont été en contact avec les Autobots. Alors qu'il sont transférés vers une base secrète où ils seront interrogés, la voiture où se trouve Sam et Mikaela est attaquée par les Décepticons et ils sont tous sauvés par les Autobots. Malheureusement, BumbleBee se fera capturé par le Secteur 7 et sera emmené dans la base secrète où se trouvent Mégatron et le AllSpark pour y servir de cobaye. Sam découvre alors que les Décepticons ont attaqué une base militaire deux jours avant qu'il n'acquiert BumbleBee. Il fait alors la connaissance de William Lennow, un soldat survivant de cette attaque. Sam réussit à parlementer avec le chef du Secteur 7, l'agent Simmons. Il leur dira tous ce qu'il sait sur les Autobots et les Décepticons en l'échange de la libération de BumbleBee et de la remise à zéro du casier judiciaire de Mikaela. Bee, libre, s'approcha du AllSpark et réussit à le rapetisser pour pouvoir mieux le déplacer. Malheureusement, ils furent alors attaqués par les Décepticons qui réussirent à libérer Mégatron. Sam et Mikaela, escortés par le Secteur 7, prirent la fuite avec BumbleBee avant d'être rejoint par les autres Autobots. Ils trouvèrent refuge au sein de Mission City et une longue bataille s'engagea entre les Autobots, épaulés par l'équipe de Lennox, et les Décepticons. BumbleBee fut blessé aux jambes et Jazz fut détruit pendant cette bataille. Sam, voulant protéger la vie d'Optimus Prime, réussit à détruire Mégatron en implantant le AllSpark dans son corps, détruisant ainsi le Décepticon mais également le cube dont il ne resta que des fragments. Les Autobots décidèrent de rester sur terre pour protéger les humains, BumbleBee restant auprès de Sam, avec qui il c'est lié d'amitié.

2009: Après les évènements de Mission City, une nouvelle organisation a vu le jour: le NEST, commandé par Lennox et ses hommes. Le Secteur 7 a été dissous, remplacé par le NEST, chargé de traquer les Décepticons encore présent sur terre. De nouveau Autobots ont rejoint Optimus Prime pour l'aider dans sa traque.
Sam s'apprête à entrer à la faculté mais ne peut emmener BumbleBee avec lui, désireux d'avoir une vie normale. Alors qu'il prépare ses affaires, un fragment du AllSpark tombe et le jeune homme le ramasse, recevant des informations et des visions dans son cerveau. Lâchant le fragment, ce dernier brûle le plancher et tombe dans la cuisine où il donne vie à tous les objets de la cuisine. Bee parvient à détruire les robots mais détruit également une partie de la cuisine. Sam confie le fragment du AllSpark à Mikaela, devenue sa petite amie, et part pour l'université.
A la base du NEST, le nouveau Conseiller de la Sécurité Nationale arrive et demande à parler à Optimus Prime, l'accusant lui et les Autobots d'être la cause de l'arrivée des Décepticons sur terre. Selon lui, ces derniers ne viennent que pour se venger d'Optimus et ses hommes. La seule solution au problème selon lui, serait de ne plus accorder l'asile aux Autobots et de les obliger à quitter la terre.
Sam arrive à la fac et commence ses études comme un étudiant normal. Il fait la connaissance de son colocataire et d'Alice, une jeune femme aussi belle qu'étrange. Bee finit par débarquer à la faculté et conduit Sam à Optimus qui lui explique la situation avec le NEST. Sam refuse de prendre part à la discussion, désireux d'avoir une vie normale. Cependant, lors d'un cours, il se met à avoir des visions et est viré de cours. Il comprend que cela vient du fragment de AllSpark et il appelle Mikaela pour l'avertir de ne pas y toucher. La jeune femme se rend alors compte qu'un espion Décepticon se trouve chez elle pour s'emparer du fragment: Wheelie. Elle parvint à l'empêcher de s'en emparer et le capture pour le conduire à Sam. Elle arrive rapidement dans la chambre de Sam, découvrant ce dernier en train d'embrasser Alice. Après une dispute, elle lui explique la situation et lui montre Wheelie. Cependant, ils sont alors attaqués par Alice qui se révèle être un agent Décepticons. Elle fut tuée par Mikaela qui lui rentra dedans avec une voiture. Ils sont cependant attaqués juste après par un nouveau Décepticon avant d'être capturés et amenés à Mégatron, ramené à la vie par ses soldats. Alors qu'il s'apprête à faire extraire le cerveau du jeune homme par son médecin, Sam est sauvé par l'arrivée d'Optimus et BumbleBee. Un combat éclate entre Optimus et Mégatron, conduisant à la mort du leader Autobots.
À la suite de cet incident, le corps d'Optimus est ramené à la base du NEST. Au moment où humains et Autobots s'apprêtent apparemment à lui faire des funérailles, le Conseiller de la Sécurité Nationale arrive avec des soldats, et déclare le NEST dissous. Dégoûtés, les Autobots songent à quitter la Terre, mais Ironhide, estimant que ce n'est pas ce qu'Optimus aurait voulu, décide qu'il faut rester. Cependant, Sam raconte que Mégatron et Scalpel ont expliqué que les signes qu'il voit dans sa tête sont en fait une carte vers une nouvelle source d'énergie appelée Energon. Sous le conseil de Léo, ils décident de demander de l'aide à « Robotwarrior », un internaute spécialisé en extra-terrestres. Ce dernier se révèle être Seymour Simmons, ancien agent du Secteur 7 vu dans le premier film. Malgré une rancune envers Sam, Simmons accepte finalement de les aider. Mikaela libère ensuite Wheelie, qu'elle a convaincu de les conduire à quelqu'un qui, selon lui, pourrait les aider.
Wheelie les conduit alors au National Air and Space Museum, et leur indique un vieux SR-71 Blackbird, qu'il affirme être un Transformer capable de les renseigner. Sam le ranime grâce au fragment du AllSpark, mais Mikaela découvre un peu trop tard qu'il s'agit d'un Decepticon. Celui-ci, âgé et répondant au nom de Jetfire, se révèle être passé du côté Autobot. Il leur parle de la Moissonneuse permettant de capturer les soleils d'autre planète et du Fallen, un traitre Prime qui décida d'utiliser cette machine sur le soleil de la terre. Il fut chassé par les six Prime restant, dont Optimus Prime, dernier survivant des Prime et le seul à pouvoir détruire le Fallen. Apprenant avec tristesse la mort d'Optimus, Jetfire leur explique qu'il y a un moyen de ramener le leader Autobots. La matrice du commandement. Sam se met alors en tête de retrouver cette dernière et part jusqu'en Egypte avec l'aide de Jetfire qui l'y téléporte. Avec l'aide de Simmons, il lance un appelle aux membres du NEST et demande à ce que le corps d'Optimus soit emmené en Egypte. Sam retrouve rapidement la matrice mais cette dernière tombe en poussière. S'ensuit alors une bataille entre Autobots et Décepticons dans laquelle Sam est grièvement blessé. Il a alors une vision des cinq primes morts à cause du Fallen qui lui expliquent que la Matrice ne se trouve pas mais qu'elle se mérite. A son réveil, la Matrice est reconstitué et Sam parvint à ramener Optimus à la vie. Mais le leader Autobots est trop faible pour participer à la bataille et Jetfire se sacrifie pour qu'il puisse détruire le Fallen. Ainsi amélioré, Optimus détruit la machine, blesse Mégatron au visage et achève triomphalement le Fallen. Voyant la situation, Mégatron, écoutant pour une fois le conseil de Starscream, s'enfuit avec lui et ce qui reste de Decepticons tout en clamant que ce n'est pas terminé.

2017: Huit ans ont passé depuis les évènements en Egypte. Mikaela a quitté Sam, désireuse d'avoir une vie normale, ce qui ne sera jamais le cas avec le jeune homme. Ce dernier rencontre Carly Spencer alors qu'il est décoré par le président des Etats-Unis. Le NEST existe toujours et Sam en est membre. Alors que les Autobots retrouvent avec plaisir le corps d'un autre Prime, Sentinel, ils découvrent rapidement que ce dernier ne jure que part le retour à la vie de Cybertron et qu'il a passé un pacte avec les Décepticons, permettant à ces derniers d'utiliser les humains comme mains d’œuvres pour reconstruire la planète.